Documenti del IX secolo (Liber Pontificalis) definiscono Frascati come un piccolo agglomerato urbano, ma dopo la distruzione di Tusculum (Tuscolo) nel 1191, la popolazione residente aumentò e la sede della diocesi passò da Tuscolo a Frascati. Il nome della città deriva forse da una tradizione locale nell' uso delle "frasche" come legname o dall'utilizzo delle stesse per costruire ripari di fortuna dopo la distruzione di Tuscolo. All'inizio del XVI secolo papa Giulio II la cedette a Marcantonio I Colonna come possesso feudale per i servizi prestati. Dal 1508 il principe Colonna e sua moglie Lucrezia della Rovere vissero nella fortezza di Frascati. Dopo la morte di Marcantonio Colonna nel 1522 a Milano, Lucrezia della Rovere vendette Frascati a Pier Luigi Farnese che a sua volta la cedette alla Camera Apostolica, ponendo così termine al periodo feudale di Frascati.
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Nel 1538 papa Paolo III conferì a Frascati il titolo di "Civitas" con il nome di "Tusculum novum" e realizzò una nuova cinta muraria fortificata. Nel 1598 iniziò la costruzione della nuova cattedrale dedicata a San Pietro. La città ha nel proprio territorio ed intorno ad esso una dozzina di ville costruite nel corso di un secolo a partire dal 1545, per motivi politici e sociali, di status symbol dell'aristocrazia romana e della corte papale.
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